Tenho um agendamento duplicado na minha agenda, tento apagar um e o outro também some, o que pode estar acontecendo?

Possivelmente trata-se de um serviço com etapas, onde se tem um intervalo/tempo de espera entre o início e finalização do mesmo.
Para fazer a verificação basta entrar no serviço em questão e verificar se existem etapas cadastradas.

Veja como verificar:

1. Primeiramente clique em “Configurações”, em seguida clique em “Serviços”.

2. Selecione o profissional, e clique em “Alterar” no serviço em questão.
Em seguida, role a página até o final e poderá ver se o serviço tem etapas ou não. Caso tenha, esse é o motivo de ter o agendamento duplicado em sua agenda.